Otra opción es realizar esa primera copia de seguridad a través de un cable ethernet para que vaya lo más rápido posible y a partir de ahí dejar que haga las actualizaciones de la copia vía WiFi.

Patricio, no puedo probarlo porque no tengo una base Airport Extreme, pero según cuentan en AirPort Update Adds Archive for Time Capsule, External Mounted Drives for AirPort Extreme la nueva versiónd el software para Time Capsule permite hacer una copia de seguridad de su disco interno en uno externo, así que igual se puede hacer al revés para que respete el backup que ya tienes